Отдел создан 21 июля 1999 года приказом начальника республиканского Управления исполнения наказаний. За первый год существования отдела было назначено 160 караулов, перевезено 4500 осужденных.

Сегодня на вооружении отдела состоят специальные автомобили, оборудованные на базе «КамАЗа», «Валдая» и «ГАЗона NEXT». Все машины для перевозки осужденных оснащены системами видеонаблюдения и аппаратурой ГЛОНАСС, позволяющей отслеживать маршруты их передвижения.

В настоящее время объем перевозок, осуществляемых отделом по конвоированию марийского Управления исполнения наказаний, значительно увеличился. С начала 2018 года назначено 90 караулов по конвоированию спецконтингента, а спецавтомобили конвоя перевезли почти 1200 осужденных и заключенных под стражу, сообщает пресс-служба УФСИН России по Республике Марий Эл.