Ввиду того, что контроль за расходом получаемых от государства средств автономными некоммерческими организациями государством не урегулирован, существуют риски мошенничества с использованием бюджетных средств.
Согласно Федеральному закону «О некоммерческих организациях» структуры, создаваемые гражданами РФ, имеют право предоставлять услуги в сфере образования, здравоохранения, культуры, науки, физической культуры и др. При этом в целях продвижения своей деятельности, владельцы таких организаций могут участвовать в национальных проектах и целевых программах, что достаточно часто реализуется в Марий Эл. Однако из-за того, что деятельность АНО и порядок расходования им средств не попадает под казначейское сопровождение, контролировать расходы может только сам владелец организации. На сегодняшний день такие организации получают серьезные суммы из федерального бюджета. Примером получения шестизначной суммы подобными организациями является АНО «Агентство инвестиционного и экспортного развития Республики Марий Эл», которая получила из федерального бюджета в нынешнем году 43 миллиона на развитие поддержки предпринимательства. В связи с этим правоохранительные органы призывают владельцев АНО пользоваться особым правом контроля над большими деньгами честно и тратить выделенные бюджетные деньги, не используя мошеннические схемы в угоду повышения собственной прибыли.